Zur Zeit sind in den Zuchtorganisationen über 400 Farbschläge anerkannt.

Die Farbe der Kanarien setzt sich aus drei wesentlichen Komponenten zusammen: Die Grundfarbe geht von Gelb bis Feuerrot oder Weiß. Das Gelb und Rot der Kanarienvögel wird aus Carotinoiden (auch Lipochrome oder Fettfarbe genannt) gebildet. Dazu werden Provitamine A oder fertige Carotinoide mit der Nahrung aufgenommen. Je nach der genetischen Voraussetzung des Kanarienvogels werden diese Carotinoide oder Provitamine A zu körpereigenen Carotinoiden (den Lipochromen) umgewandelt oder direkt zur Federfärbung verwendet. Im Federkeratin lagern sich die Lipochrome ab und sind damit fest in der Feder verankert. Die gelbe bis rote Grundfarbe kann durch eine Mutation pastellartig abgeschwächt werden (Ivoor-Faktor).

Vögel, die genetisch nicht in der Lage sind, die in der Nahrung angebotenen Carotinoide aufzubauen und umzusetzen, bleiben fettfarblos, also weiß. Hier gibt es solche, die grundsätzlich keine Carotinoide umsetzen und somit vollkommen weiß (rezessiv-weiß) sind, und Vögel, die eine zu langsame Lipochromausbildung haben und die genetisch zwar noch existierenden Faktoren für Rot oder Gelb nicht mehr zur Wirkung kommen, abgesehen von geringfügigen Farbablagerungen im Großgefieder (dominant-weiß).

Die Melaninfarbe umfasst alle dunklen Farbkomponenten, wie beispielsweise Schwarz oder Braun. Sie rühren allein von den Melaninen, den Eumelaninen und Phäomelaninen, her. Diese werden in der Feder abgelagert und verursachen die arteigenen Zeichnungen der Kanarienvögel – eine dunkle Streifung oder Strichelung der Körperoberseite. Eine Vielzahl von Melaninmutationen verändern den Farbton des Melanins und teilweise auch die Zeichnung.

Eine Besonderheit bei den Farbenkanarien stellen die sogenannten Inos (Albinos – weiß, Lutinos – gelb, Rubinos – rot) dar. Inos sind Phaeos der Achat- bzw. Isabellreihe, d. h. der verdünnten klassischen Melaninfarben. Bei diesen Farbschlägen sind keine Melanine mehr erkennbar. Die Augen aller Inos sind rot, da auch dort keine Melanine mehr auftreten. Der Begriff Albino ist jedoch missverständlich, da der Melaninausfall nicht wie bei Albinos anderer Tierarten auf einen Gendefekt zurückzuführen ist, sondern die Albinoerscheinung der Kanarienvögel genaugenommen nur vorgetäuscht wird.

Bei der Federstruktur unterscheidet man zwischen Intensiv, Schimmel und Mosaik. Bei Vögeln mit einer intensiven Federstruktur dringen die Carotinoide bis in die Federspitze vor, so dass diese die Fettfarben wesentlich kräftiger zeigen als die Vögel mit schimmliger Struktur. Die Federn der „Schimmelvögel“ haben einen schmalen farblosen (und damit weiß erscheinenden) Federrand. Sie wirken wie mit „Schimmel“ überzogen, da die Grundfarbe nicht so leuchtend wie bei den „Intensivvögeln“ in Erscheinung tritt. Die „Mosaikvögel“ sollen die Grundfarbe nur an fünf Körperstellen zeigen – Kopf, Brust, Bürzel und die beiden Flügelbüge. Das restliche Gefieder soll kreidig weiß sein. Männliche Mosaikvögel haben größere farbige Areale als weibliche Exemplare.

Das Gefieder der Kanarienvögel enthält immer eine der Grundfarben Gelb, Rot oder Weiß und eine Gefiederstruktur: intensiv, schimmel oder mosaik. „Melaninvögel“ haben neben der Grundfarbe und der Federstruktur zusätzlich eine Melaninzeichnung. Die Grundfarbe und die Melaninfärbung kann durch weitere zusätzliche Farbfaktoren (optischer Blaufaktor, Zitronfaktor, Ivoorfaktor, Lipochrom-Dichte-Faktor, ...) im Erscheinungsbild verändert werden.

Alle Farbschläge können in zwei Gruppen aufgegliedert werden:

0. „Aufgehellte“, d. h. „Lipochromkanarienvögel“ zeigen eine der Grundfarben und eine der Federstrukturen, jedoch keine Melaninzeichnung.
   
0. „Melaninkanarienvögel“ zeigen eine der Grundfarben, eine der Federstrukturen und zusätzlich Melaninfarben. Die klassischen Melaninfarben sind Schwarz, Achat, Braun und Isabell. Diese Farben können in folgenden Ausprägungen (nichtklassische Melaninfarben) auftreten: Pastell, Grauflügel, Onyx, Opal, Topas, Eumo, Kobalt, Satinet, Phaeo.

Ausnahmen:

• Da „Satinet“ und „Phaeo“ derzeit nur in Braun gezüchtet werden bzw. zugelassen sind, entfällt die Nennung der dazugehörigen klassischen Melaninfarbe;
• bei weißen Kanarienvögel gibt es keine Nennung der Gefiederstruktur, sondern nur ob die Farbe dominant oder rezessiv vererbt wird